日本野生動物医学会は、今後いかなる生物種をも絶滅させないために、早急に野生生物保護管理の科学的な方法を確立し、実際的なアクションプランを示し、これからの獣医学も野生動物個体あるいは個体群保護、さらには生物の多様性保護のために学問的貢献をおこなうべきであると考え、野生動物または動物園動物の動物医学に関する学術発展を推進するために設立されました。

本学会が対象とする学問領域は、飼育下の種も含めた野生動物に関する動物医学であり、即ち哺乳類、鳥類、爬虫類、両生類、魚類などの野生動物について、基礎（生態も含む）、病態、予防および臨床に関する動物医学の学術交流をおこなう場としています。